大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程

　　在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中，我們將研究如何使用R Markdown。到最后，您將擁有從頭開始使用R Mardown制作文檔或演示文稿所需的技能!
 

　　我們將向您展示如何將默認的R Markdown文檔轉(zhuǎn)換為您自己的有用參考指南。
 

　　R Markdown是用于在R中生成可復(fù)制報告的開源工具。它使您可以將所有代碼，結(jié)果，圖解和編寫都放在一個地方。當您為對分析結(jié)果感興趣但對代碼結(jié)果不感興趣的受眾生成文檔時，R Markdown特別有用。
 

　　R Markdown之所以強大，是因為它可以用于數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)科學(xué)，與他人合作以及將結(jié)果傳達給決策者。使用R Markdown，您可以選擇將作品導(dǎo)出為多種格式，包括PDF，Microsoft Word，幻燈片或HTML文檔，以供網(wǎng)站使用。
 

　　我們將使用RStudio集成開發(fā)環(huán)境(IDE)生成我們的R Markdown參考指南。如果您想了解有關(guān)RStudio的更多信息，請查看我們的大數(shù)據(jù)分析R Markdown的使用技巧!
 

　　在AAA教育，我們喜歡使用R Markdown在R中進行編碼和創(chuàng)作內(nèi)容。實際上，我們在R Markdown中撰寫了此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章!此外，AAA教育平臺上的學(xué)習者使用R Markdown完成R項目。
 

　　我們在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中包含了完全可復(fù)制的代碼示例。掌握了大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程的內(nèi)容之后，請查看我們有關(guān)R Markdown技巧，竅門和快捷方式的其他大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章。
 

　　好的，讓我們開始構(gòu)建自己的R Markdown參考文檔!
 

　　R Markdown指南和備忘單：快速導(dǎo)航
 

　　1.安裝R Markdown

　　2.默認輸出格式

　　3. R Markdown文檔格式

　　4.節(jié)標題

　　5.項目符號和編號列表

　　6.文字格式

　　7.鏈接

　　8.代碼塊

　　9.運行代碼

　　10.使用代碼塊選項控制行為

　　11.內(nèi)聯(lián)代碼

　　12.導(dǎo)航部分和代碼塊

　　13.表格式

　　14.輸出格式選項

　　15.演講

　　16.添加目錄

　　17. RStudio Cloud的可重現(xiàn)報告
 

　　1.安裝R Markdown
 

　　R Markdown是一個免費的開源工具，其安裝方式與其他R軟件包一樣。使用以下命令安裝R Markdown：

　　現(xiàn)在已經(jīng)安裝了R Markdown，通過導(dǎo)航到，在RStudio中打開一個新的R Markdown文件File > New File > R Markdown…。R Markdown文件的文件擴展名為“ .Rmd”。
 

　　2.默認輸出格式
 

　　在RStudio中打開新的R Markdown文件時，會出現(xiàn)一個彈出窗口，提示您選擇用于文檔的輸出格式。

　　默認輸出格式是HTML。使用HTML，您可以輕松地在網(wǎng)絡(luò)瀏覽器中查看它。
 

　　我們建議暫時選擇默認的HTML設(shè)置-這樣可以節(jié)省您的時間!為什么?因為編譯HTML文檔通常比生成PDF或其他格式更快。當您接近成品時，可以將輸出更改為您選擇的格式，然后進行最后的修飾。
 

　　最后要注意的一點是，您在上面的彈出窗口中給文檔提供的標題不是文件名!導(dǎo)航到File > Save As..命名并保存文檔。
 

　　3. R Markdown文檔格式
 

　　選擇所需的輸出格式后，R Markdown文檔將出現(xiàn)在RStudio窗格中。但是與空白的R腳本不同，該.Rmd文檔包含一些乍一看似乎很奇怪的格式。讓我們分解一下。
 

　　我們重點介紹了R Markdown文檔的六個不同部分，以了解發(fā)生了什么：
 

　　1）YAML標頭：控制應(yīng)用于整個文檔的某些輸出設(shè)置。
 

　　2）代碼塊：包括要運行的代碼以及與代碼相關(guān)的選項。
 

　　3）正文：用于將結(jié)果和發(fā)現(xiàn)傳達給目標受眾。
 

　　4）生成表的代碼：以最小的格式輸出表，就像在控制臺中看到的那樣。
 

　　5）節(jié)標題：用指定##。
 

　　6）生成繪圖的代碼：輸出繪圖。這里，由于echo=FALSE指定了參數(shù)，因此將不包含用于生成圖的代碼。這是一個塊選項。我們將盡快介紹塊選項!

　　該文檔可以按原樣輸出。讓我們“編織”或輸出文檔，以查看這些格式規(guī)范在渲染文檔中的外觀。我們在RStudio中通過單擊“編織”按鈕來執(zhí)行此操作。編織文檔會生成一個HTML文檔，因為這是我們指定的輸出格式。
 

　　編織文檔的快捷方式是Command + Shift + K在Mac或Ctrl + Shift + KLinux和Windows上。“ k”是“編織”的縮寫!

　　上圖顯示了左側(cè)的R Markdown文檔在輸出為HTML時的外觀(右側(cè))。
 

　　請注意，RStudio中的默認.Rmd文件包括有關(guān)格式化R Markdown文檔的有用指南。我們將大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程檔另存為，RMarkdown_Guide.Rmd以便在本教程中逐步進行添加。我們在YAML標頭中為文檔指定了標題“ R Markdown指南”。我們鼓勵您這樣做，以便您可以建立自己的R Markdown參考指南!
 

　　注意：如果您在RStudio之外的R Markdown中工作，請使用該功能rmarkdown::render()編譯文檔。用引號提供文檔名稱作為函數(shù)參數(shù)。例如：
 

　　4.節(jié)標題
 

　　接下來，我們將介紹.Rmd文件中文本格式的基礎(chǔ)知識。R Markdown文件是用Markdown編寫的純文本文件，它是一種格式語法。我們從節(jié)標題開始。
 

　　請注意，在默認的.Rmd文件中，文檔中有兩個部分：R Markdown和Inclusion Plots。由于是雙井號(##)，因此它們是第二級標題。讓我們在Guide中創(chuàng)建一個新的二級標題，方法Text Formatting Basics是輸入：

　　在此之后加上一個名為的三級標題Headers，如下所示：
 

　　我們將使用第一，第二和第三級標題的語法要求來構(gòu)建指南。我們希望我們的指南顯示代碼以生成標頭。
 

　　因此，要將標題的格式要求添加到我們的指南中，請?zhí)砑右韵聝?nèi)容：
 

　　# First Level Header

　　## Second Level Header

　　### Third Level Header
 

　　提示：在每行代碼之間插入空白行，以在輸出時將它們分開。并且在相鄰但彼此不同的格式元素之間始終至少有一個空白行，例如節(jié)標題和正文。
 

　　.Rmd文檔和輸出如下所示：

　　在上圖中，我們看到了第二和第三級標題在呈現(xiàn)時的外觀。我們還指定了語法與創(chuàng)建標題#，##或###。這是一個很好的例子，說明了R Markdown中的格式多么簡單卻功能強大。
 

　　如果您不希望標題在最終輸出中呈現(xiàn)為標題，則將代碼包裝在這樣的反引號中，以將文本設(shè)置為代碼格式：

　　5.項目符號和編號列表
 

　　現(xiàn)在，我們將創(chuàng)建一個名為“ 項目符號列表和編號列表”的新三級標題，并在“指南”中鍵入以下內(nèi)容以生成無序列表：

　　事實上，人物*，-并且+產(chǎn)生無序列表項的所有工作。
 

　　這是編號列表所需的語法：

　　數(shù)字會自動遞增，因此我們只需輸入“ 1.”。如果我們曾經(jīng)添加或刪除項目，那就太好了，因為我們不必擔心重新編號!
 

　　也可以組合編號和無序列表。點擊tab兩次以縮進無序的項目符號：

　　這是在我們的指南和輸出中這種格式的外觀的并排視圖：

　　6.文字格式
 

　　我們將通過添加基大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程本格式來繼續(xù)構(gòu)建《 R Markdown指南》。創(chuàng)建一個新的名為文本格式的第三級標題，然后復(fù)制或鍵入以下內(nèi)容：

　　呈現(xiàn)時的外觀如下：

　　7.鏈接
 

　　R Markdown可以輕松鏈接到網(wǎng)站和圖像。在本指南的稱為鏈接的這一部分中，我們記錄了以下內(nèi)容：

　　這是HTML輸出：

　　8.代碼塊
 

　　要在R Markdown中運行代碼塊，請使用代碼塊。使用以下命令插入新的代碼塊：
 

　　1)Command + Option + I在Mac或Ctrl + Alt + ILinux和Windows上。

　　2)另一個選項是工具欄中的“插入”下拉圖標，然后選擇R。
 

　　我們建議您學(xué)習快捷方式以節(jié)省時間!我們將在稍后的《 R Markdown指南》中插入一個新的代碼塊。
 

　　9.運行代碼
 

　　RStudio在工具欄的“運行”下拉選項卡中提供了許多用于運行代碼塊的選項：

　　在運行代碼塊之前，通常最好重新啟動R會話并從干凈的環(huán)境開始。Command + Shift + F10在Mac或Control + Shift + F10Linux和Windows 上執(zhí)行此操作。
 

　　為了節(jié)省時間，值得學(xué)習以下運行代碼的快捷方式：
 

　　1)Command + Option + P在Mac或Ctrl + Alt + PLinux和Windows上，運行高于當前塊的所有塊。

　　2)在Mac 上Command + Option + C或Command + Shift + Enter在Mac上運行當前塊。在Linux和Windows上，使用Ctrl + Alt + C或Ctrl + Shift + Enter運行當前塊。

　　3)Command + Option + N在Mac或Ctrl + Alt + NLinux和Windows 上運行下一個塊。

　　4)在Mac 上Command + Option + R或Command + A + Enter在Mac上運行所有塊。在Linux和Windows上，使用Ctrl + Alt + R或Ctrl + A + Enter運行所有塊。
 

　　10.使用代碼塊選項控制行為
 

　　R Markdown的一大優(yōu)點是您有許多選擇來控制如何評估和呈現(xiàn)每個代碼塊。這使您可以從頭開始構(gòu)建演示文稿和報告(包括代碼，圖表，表格和圖像)，同時僅向目標受眾展示基本信息。例如，您可以包含結(jié)果圖，而不顯示用于生成結(jié)果的代碼。
 

　　掌握代碼塊選項對于成為熟練的R Markdown用戶至關(guān)重要。學(xué)習塊選項的最佳方法是在報表中根據(jù)需要嘗試它們，因此現(xiàn)在不必擔心記住所有這些。以下是要學(xué)習的關(guān)鍵塊選項：
 

　　1)echo = FALSE：不要在輸出中顯示代碼，而是運行代碼并生成所有輸出，曲線圖，警告和消息。在下面的圖像中生成圖的代碼塊就是一個例子。

　　2)eval = FALSE：顯示代碼，但不對其進行評估。

　　3)fig.show = "hide"：隱藏圖。

　　4)include = FALSE：運行代碼，但不顯示所有輸出。這對于設(shè)置代碼很有幫助。您可以在下面的圖像的頂部代碼塊中看到一個示例。

　　5)message = FALSE：防止軟件包在加載時打印消息。這也抑制了函數(shù)生成的消息。

　　6)results = "hide"：隱藏打印輸出。

　　7)warning = FALSE：防止軟件包和功能顯示警告。

　　11.內(nèi)聯(lián)代碼
 

　　使用內(nèi)聯(lián)代碼將R代碼直接嵌入到R Markdown文檔中。當您要在書面摘要中包含有關(guān)數(shù)據(jù)的信息時，這很有用。我們將在《 R Markdown指南》中添加一些內(nèi)聯(lián)代碼示例，以說明其工作方式。
 

　　將內(nèi)聯(lián)代碼與一起使用，r并添加代碼以在反引號內(nèi)進行評估。例如，以下是我們可以總結(jié)carsR內(nèi)置的數(shù)據(jù)集中的行數(shù)和列數(shù)的方法：

　　這是一個側(cè)視圖，比較了R Markdown和HTML輸出中的外觀：

　　上面的示例突出顯示了如何通過以編程方式匯總信息來減少報告中的錯誤。如果我們更改數(shù)據(jù)集并更改行數(shù)和列數(shù)，則只需重新運行代碼即可獲得準確的結(jié)果。這比嘗試記住文檔中需要更新結(jié)果，確定新數(shù)字并手動更改結(jié)果的方法要好得多。R Markdown功能強大，因為它可以節(jié)省時間并提高報告的質(zhì)量和準確性。
 

　　12.導(dǎo)航部分和代碼塊
 

　　命名代碼塊對于具有許多塊的長文檔很有用。使用R代碼塊，將塊命名為：{r my_boring_chunk_name}。
 

　　使用命名的代碼塊，您可以在R Markdown窗口窗格底部的導(dǎo)航器中的塊之間導(dǎo)航。這也可以使圖易于按名稱標識，因此可以在文檔的其他部分中使用它們。該導(dǎo)航器對于快速跳轉(zhuǎn)到文檔的另一部分也很有用。
 

　　這是我們在R Markdown指南的導(dǎo)航器中看到的內(nèi)容：

　　13.表格式
 

　　如大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程前面所述，默認情況下，R Markdown中的表在您在R控制臺中顯示時會顯示出來。要提高R Markdown文檔中表格的美觀度，請使用函數(shù)knitr::kable()。這是一個例子：

　　這是在我們的指南中的外觀以及渲染時的外觀：

　　在R Markdown中還有許多其他用于創(chuàng)建表的軟件包。
 

　　請注意：格式化表格可能非常耗時。我們建議您在學(xué)習R Markdown時先堅持基礎(chǔ)知識。隨著您技能的提高和表格格式需求的顯現(xiàn)，請根據(jù)需要咨詢其他軟件包。
 

　　14.輸出格式選項
 

　　現(xiàn)在，我們對如何格式化R Markdown文檔有了深入的了解，讓我們討論格式化選項。YAML標頭中指定了適用于整個文檔的格式選項。R Markdown支持多種類型的輸出格式。
 

　　YAML標頭中指定的元數(shù)據(jù)控制輸出。單個R Markdown文檔可以支持多種輸出格式?；叵胍幌?，渲染為HTML通常比PDF更快。如果要以HTML預(yù)覽文檔，但最終將文檔輸出為PDF，請注釋掉PDF規(guī)范，直到需要它們?yōu)橹?，如下所示?/p>

　　如您在此處看到的，我們還包含了將R Markdown指南作為演示輸出所需的元數(shù)據(jù)。
 

　　15.演講
 

　　該rmarkdown軟件包支持四種類型的演示。還可以使用其他R軟件包，例如manifestjs，它們可以擴展R Markdown的功能。我們將簡要概述R Markdown內(nèi)置的演示文稿格式，然后看一個示例。
 

　　四個演示選項及其輸出的格式為：
 

　　1)beamer_presentation：PDF

　　2)ioslides_presentation：HTML

　　3)powerpoint_presentation：Microsoft Powerpoint

　　4)slidy_presentation：HTML
 

　　讓我們將《 R Markdown指南》轉(zhuǎn)換為ioslides演示文稿。ioslides選項可編譯為HTML，例如，對于通過屏幕共享的遠程會議期間的演示文稿很有用。我們使用將該指南轉(zhuǎn)換為ioslides演示文稿output: ioslides_presentation。
 

　　請注意，我們“注釋掉”了HTML和PDF格式選項，以便在編譯文檔時將其忽略。這是使其他輸出選項可用的一種便捷技術(shù)。
 

　　進行編織時，將出現(xiàn)R Markdown指南和HTML演示文稿，每個第二級標題都標記了新幻燈片的開始。除我們的“文本格式設(shè)置基礎(chǔ)”部分中包含一些第三級標題部分外，此方法效果很好。

　　為了通過手動換行符解決這種情況，我們***需要在每個第三級標題之前插入，如下所示：

　　這會將“列表或編號列表”移至其自己的幻燈片：

　　16.添加目錄
 

　　您會注意到，此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章包含一個目錄。您可能還記得我們在R Markdown中撰寫了此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章。我們在此大數(shù)據(jù)分析R Markdown備忘單的使用教程文章中添加了目錄，并在YAML標頭中添加了一行代碼toc: true?？雌饋硎沁@樣的：

　　注意每個級別使用的縮進，并且不要忘記添加:after html_document!
 

　　17. RStudio Cloud的可重現(xiàn)報告
 

　　您在這里學(xué)到的所有內(nèi)容都可以應(yīng)用到名為RStudio Cloud的基于云的RStudio Desktop版本上。RStudio Cloud使您無需安裝軟件即可生成R Markdown的報告和演示，只需要一個Web瀏覽器。
 

　　RStudio Cloud中的工作被組織到類似于桌面版本的項目中，但是RStudio Cloud使您可以指定希望用于每個項目的R版本。
 

　　RStudio Cloud還可以輕松，安全地與同事共享項目，并確保每次訪問項目時都能完全再現(xiàn)工作環(huán)境。這對于在R Markdown中編寫可重復(fù)的報告特別有用!
 

　　如您所見，RStudio Cloud的布局與在RStudio桌面中編寫R Markdown文檔非常相似：

　　在RStudio Cloud中使用R Markdown需要某些軟件包。首次在RStudio Cloud中打開新的R Markdown文檔時，程序會提示您是否要安裝所需的軟件包：

　　安裝軟件包后，您就可以立即創(chuàng)建和編織R Markdown文檔!
 

　　獎勵：R Markdown備忘單
 

　　RStudio已發(fā)布了許多與R一起使用的備忘單，包括有關(guān)使用R Markdown的詳細備忘單!通過選擇，可以從RStudio中訪問R Markdown備忘單Help > Cheatsheets > R Markdown Cheat Sheet。